北京市体检中心前身为北京市体检门诊部、北京市体检站，创建于1964年，是首都成立最早、政府举办的市级非营利性专业体检机构，也是北京市卫生和计划生育委员会指定的多种专项体检的终检单位。40多年来，中心卓有成效地完成着事关北京大发展的特殊工作－－北京市录用公务员、高等院校、高级中等学校及研究生招生体检，事关国防建设、国家安全的征兵体检，以及机动车驾驶员、从药人员、教师等特种行业体检，为首都国防、教育事业做出了重要贡献，受到了北京市卫生和计划生育委员会、北京军区、北京市卫戍区、北京市教育考试院等单位的高度评价。

长期的体检实践活动，为中心积累了丰富的经验，并形成了自己的专业特色。中心先后参与制订和修改了国家征兵、院校招生的体检标准，制定了北京市招收干部及其它特种行业体检标准和体检操作方法。近年来起草了《北京市体检工作管理办法》、《北京市征集新兵体格检查工作实施细则》、《北京市高级中等学校招生体检工作实施细则》、《北京市教师资格认定体格检查工作实施细则》、《北京市药品从业人员体检标准》和《实施细则》、《北京市普通高中招生体检标准》等文件，为规范体检工作打下了坚实的基础。

进入90年代，随着首都人民健康意识和健康需求的不断增强，中心又不失时机地面向社会开展健康体检，服务功能和服务水平不断提高，使北京市体检中心的服务模式进入一个全新的发展阶段。先后为中远集团、建设银行总行、北京青年报、中国电信、平安保险公司、爱立信中国分公司等上千家单位、十多万人进行了健康体检，以精湛的医技、人文的服务理念、优雅的体检环境、先进的仪器设备提供优质的服务，受到了社会各界的一致好评。

2004北京市体检中心被原北京市卫生局授予“北京市体检质量控制和改进中心”职能，组织成立体检质量控制和改进中心专家委员会，负责对全市医疗机构的体检质量进行抽查、质量评估、业务指导和培训工作，协助卫生行政部门和卫生监督执法部门，规范体检市场，确保体检事业健康有序发展。